Años después de lo acontecido en la primera cinta, Mewtwo vive escondido en un lugar remoto de la región de Johto junto a los demás clones, pero Giovanni, que no se olvidó de él, logra encontrarlo y se dispone a ir en su búsqueda.

Ash, Brock y Misty llegan a un lugar llamado Monte Pureza, por la pureza del río que pasa por allí. Ellos tienen previsto tomar el autobús que lleva a la próxima ciudad, pero llegan tarde y lo pierden. Por suerte conocen a una investigadora Pokémon llamada Luna Carson que les deja alojarse en su casa hasta que pase la tormenta y llegue el próximo autobús, el cual llega al próximo mes. Ahí la investigadora les da de beber agua del Río Pureza. Misty y Brock quedan sorprendidos, pero Ash no. Al poco tiempo llegan a casa de la investigadora una pareja de científicos llamados Cullen Calix y Domino con la intención de estudiar la pureza del agua del río. En ese momento, Jessie y James del Equipo Rocket aparecen y roban al Pikachu de Ash. Este sin pensárselo dos veces decide seguirlos para recuperar a su Pokémon, en compañía de Brock, Misty y los tres científicos.

Cuando Ash está a punto de recuperar a Pikachu, uno de los científicos (Domino) se descubre como un miembro de la élite del Equipo Rocket y destruye el globo de Jessie y James haciendo que todos caigan en el lago del Monte Pureza.

En ese momento, Giovanni llega junto al ejército del Equipo Rocket con la intención de capturar a Mewtwo. Mientras Mewtwo esperaba el momento para escapar a otro lugar, el Equipo Rocket captura a los Pokémon clones y en ese instante Mewtwo interviene y los libera. Giovanni amenaza a Mewtwo con hacer daño a los Pokémon clonados si este no le obedece, entonces Mewtwo accede a obedecer a Giovanni y este aprovecha la situación para encerrarlo en una bola de energía especialmente creada para contener el poder de Mewtwo.

Mientras, Ash y sus amigos deciden ir en busca de Pikachu, que cayó por accidente en el monte que había en el centro del lago. Pikachu se une a los Pokémon clonados para defender el Lago Pureza y a sus Pokémon.