Después de perder a su hermano en el mar, el joven Ryouta decide robar un yate junto con dos amigos y salir a buscarlo. Pero en el barco se topan con el ladrón de bancos Yoshimura, el que se encuentra profugo con el botin de uno de sus atracos. Los jovenes se ven envueltos en una tormenta y, en medio de ella, son atacados por una gigantesca criatura marina conocida como Ebirah. Se despiertan en las playas de la isla Infante, donde logran encontrar a a Yata, el joven perdido. Pero también descubren que la isla está dominada por la organización terrorista Bambu Rojo, quien mantiene una base que desarrolla bombas atómicas y domina con mano de hierro a los nativos del lugar. Así mismo, los Bambues Rojos logran controlar a Ebirah mediante químicos lanzados en el agua, y la criatura hace las veces del guardián de la isla. Intentando escapar de los terroristas, los jovenes dan con el paradero de Godzilla, el que permance en letargo en una de las cuevas. Viendose en una situación desesperada, el unico recurso que les queda es despertar a Godzilla, para que arrase la base de los terroristas y logre vencer a Ebirah.