Orthologous MAtrix

OMA (Matrix orthologa) és una base de dades d'ortòlegs extreta de genomes complets disponibles].^[1]^[2] Les prediccions ortològiques d'OMA estan disponibles en diverses formes:

OMA Pairs: per a un gen donat, es proporciona una llista d'ortòlegs predits en altres espècies.
OMA Groups: un conjunt de gens de diferents espècies que són tots ortòlegs.
OMA Hierarchical Groups: el conjunt de tots els gens que han evolucionat a partir d'un sol gen ancestral en un rang determinat de taxonòmica.
OMA Genome Pair view: la llista de tots els ortòlegs predits entre dues espècies.

Referències

↑ Altenhoff, Adrian M «OMA 2011: orthology inference among 1000 complete genomes». Nucleic Acids Res. [England], vol. 39, Database issue, 1-2011, pàg. D289-94. DOI: 10.1093/nar/gkq1238. PMC: 3013747. PMID: 21113020.
↑ Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Train, Clément-Marie; Kaleb, Klara; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles «The OMA orthology database in 2018: retrieving evolutionary relationships among all domains of life through richer web and programmatic interfaces». Nucleic Acids Research, vol. 46, D1, 2018, pàg. D477–D485. DOI: 10.1093/nar/gkx1019. ISSN: 0305-1048. PMC: 5753216. PMID: 29106550.

[pmid21113020-1] Altenhoff, Adrian M «OMA 2011: orthology inference among 1000 complete genomes». Nucleic Acids Res. [England], vol. 39, Database issue, 1-2011, pàg. D289-94. DOI: 10.1093/nar/gkq1238. PMC: 3013747. PMID: 21113020.

[AltenhoffGlover2018-2] Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Train, Clément-Marie; Kaleb, Klara; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles «The OMA orthology database in 2018: retrieving evolutionary relationships among all domains of life through richer web and programmatic interfaces». Nucleic Acids Research, vol. 46, D1, 2018, pàg. D477–D485. DOI: 10.1093/nar/gkx1019. ISSN: 0305-1048. PMC: 5753216. PMID: 29106550.

[1]