FAM167A

FAM167A
Identifikatori
Aliasi	FAM167A
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610085 MGI: 3606565 HomoloGene: 14243 GeneCards: FAM167A
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 8 (čovjek)
Kraj	11,475,908 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 14 (miš)
Kraj	63,702,947 bp
Ortolozi
	83648
	219148
	ENSG00000154319
	ENSMUSG00000035095
	Q96KS9
	Q6P1G6
	NM_053279
	NM_177628
	NP_444509
	NP_808296
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 167 je protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM167A sa hromosoma 8.^[5] FAM167A i njegovi paralozi su proteini koji su kodirani genima za konzervirani domen nepoznate funkcije DUF3259.^[6] FAM167A ima mnoge ortologe, u kojima je domen nepoznate funkcije visoko konzerviran.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 214 aminokiselina, а molekulska težina 24.182 Da.^[7]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MSVPQIHVEE	VGAEEGAGAA	APPDDHLRSL	KALTEKLRLE	TRRPSYLEWQ
ARLEEHTWPF	PRPAAEPQAS	LEEGERGGQE	PLLPLREAGQ	HPPSARSASQ
GARPLSTGKL	EGFQSIDEAI	AWLRKELTEM	RLQDQQLARQ	LMRLRGDINK
LKIEHTCRLH	RRMLNDATYE	LEERDELADL	FCDSPLASSF	SLSTPLKLIG
VTKMNINSRR	FSLC

Funkcija

Mikročipovi pokazuju da FAM167A ima različitu ekspresiju u reakcijama na karcinom, ali se iz toga ne mogu izvući podaci o tačnoj funkciji FAM167A . FAM167A ima sveprisutno nisku ekspresiju u svim tipovima tkiva u cijelom tijelu.^[8] Kod miša, visoko je eksprimitran u koži, B-ćelijama i slezeni, ali nešto niže u ostalim tipovima ćelija.^[9]

Gen

Lokus

Na hromosomu 8, FAM167A je pozicioniran između c8orf12 (antisens) i BLK (antisens).^[10] Tačno mjesto FAM167A je 8p23–22 i proteže se između bp 11,278.972 i 11,332,224, sa ukupno 53.253 bazna para. Promotor se proteže od 11,324.145 do 11,324.476 na negativnom lancu, pa je prvi bazni par zapravo na 11,324.476. Nisu pronađene ljudske izoforme.

Alijasi

Član A porodica sa sličnošću sekvence 167 je takođe poznat kao FAM167A, c8orf13 ili D8S265.^[11]

Protein

Primarna sekvenca

Gen koji kodira FAM167A ima 214 aminokiselina. Molekulska težina proteina FAM167A kod Homo sapiens je 24,2 kdal, a izoelektrična tačka u izmjerena je na 5,887.^[12] Pokazalo se da mišji i kokošiji ortolozi imsju molekuksku težino od ± 0,5 kdal i izoelektričnu tačku ±0,6.

Varijante

Prema rezultatima na AceView, prikazano desno, gen FAM167A sadrži 13 introna. Gen je također "dobro eksprimiran", 1,2 puta više od prosječnog gena. Transkripcija proizvodi devet različitih iRNK, od kojih je osam alternativno prerađeno i jedna neprerađena varijanta. Od četiri prerađene varijante proteina, koji uključuju dvije izoforme, smatraju se dobrima, dok je preostalih pet djelimično dobrih ili loših proteina.^[13]

Sekundarna struktura

FAM167A ima leucinski zatvarač, kao dio svoje sekundarne strukture, što su omogućile četiri regije ponavljanja heptadnog leucina prikazane u SAPS-u. Leucinski zatvarač dio je DUF domena. Predviđanja sekundarne strukture proteina FAM167A je da je uglavnom napravljen od alfa-heliksa i upredenih zavojnica, što bi bilo razumno jer postoji domen upredene zavojnice. Kraj C-terminala DUF3259 općenito je dogovoren u programu PELE da bude područje potencijalnih beta-listova i upredenih zavojnica. Koristeći PELE, postoji određeni konsenzus među osam različitih rezultata datih u pogledu opće sekundarne strukture proteina. Nema transmembranskih domena, kako je predviđeno za protein FAM167A.

Interaktivni proteini

Koristeći alate MINT, STRING i IntAct na Genecard-u, izvori imaju konsenzus o interakcijama između FAM167A i BANK1, kao i gena BLK.^[14] Već je poznato da ovi proteini stupaju u interakciju s FAM167A u razvoju nekoliko bolesti, poput Sjogrenove bolesti i sistemske skleroze. I u slučaju BANK1 i u BLK-u postoji literatura koja potvrđuje moguće veze i interakcije između dva proteina u razvoju bolesti.

Posttranslacijske modifikacije

Nisu pronađena mjesta glikozilacija, pretraživanjem pomoću alata na Expasy.org. Postojalo je mjesto za fosforilaciju serina na ljudskim i mišjim proteinima i dva za fosforilaciju tirozina, aminokiselina 147, 159 i 170. Mjesta fosforilacije koriste se za različite regulatorne funkcije, poput inhibicije enzima, interakcija protein-protein i razgradnje proteina.

Homologija

Paralozi

FAM167A ima jedan paralog, FAM167B poznat i kao c1orf90.^[15] FAM167B se nalazi na poziciji 1p35.1 na plus lancu i sastoji se od 163 aminokiseline i takođe sadrži domen nepoznate funkcije DUF3259.^[16]

Ortolozi

FAM167A ima ortologe u 82 organizma i konzerviran je kod organizama kao što su čimpanze, psi, goveda, miševi, kokoši, pacovi, žabe i zebrica.^[17]^[18]

Rod i vrsta	Uobičajeno ime	Pristupni broj NCBI (protein)	Aminokiselinska sekvenca	Identitet	Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina prije)
Homo sapiens	Čovjek	NP_444509	214	100%	0
Pan troglodytes	Čimpanza	XP_001139122	214	99%	6,3
Macaca fascicularis	Makak	XP_005562638.1	214	96%	29
Neterocephalus glaber	Goli krtičasti pacov	XP_004848509	214	84%	92,3
Felis catus	Mačka	XP_003984890	209	80%	94,2
Equus caballus	Konj	XP_001497968	203	80%	94,2
Alligator sinensis	Kineski aligator	XP_006028215	211	70%	296
Anolis carolinensis	Karolinska riba anola	XP_003227984	215	64%	296
Danio rerio	Zebrica	NP_1020721	204	59%	400,1
Latimeria chalumnae	Afrička latimerija	XP_05994570	148	43%	414,9
Ciona intestinalis	Morski mlaz	XP_002123421	255	27%	722,5

Kao što je prikazano u gornjoj tabeli, FAM167A je visoko konzerviran u mnogim ortolozima različitih datuma divergencije. Tačan stupanj konzervacije slijedi ono što se očekuje zbog evolucijskog traga proteina.

Klinički značaj

Jednonukleotidni polimorfizmi u regijama između FAM167A i gena BLK povezani su s razvojem Sjogrenovog sindroma u kineskoj populaciji Han,^[19] kao i u Skandinaviji.^[20] Regija FAM167A-BLK također je povezana sa sistemskom sklerozom usporedbom funkcionalnih varijanti u lokusu C8orf13-BLK u populaciji kavkazoida. Rezultati studije potvrđuju C8orf13-BLK kao lokus rizika od sistemske skleroze, a najjači efekti primijećeni su u interakcijama između tog lokusa i BANK1.^[21]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000154319 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035095 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ GeneCard za FAM167A
^ Marchler-Bauer A et al. (2013) (2013). "CDD: conserved domains and protein three-dimensional structure". Nucleic Acids Res. 41 (Database issue). D1:D384-52. doi:10.1093/nar/gks1243. PMC 3531192. PMID 23197659.
^ "UniProt, Q96KS9" (jezik: engleski). Pristupljeno 17. 9. 2021.
^ BioGPS. "SymAtlas Human tissue expression".
^ BioGPS. "Tissue expression in house mouse".
^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/view/genome/83648/?term=FAM167A
^ National Human Genome Research Institute. "FAM167A Symbol Report". Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 17. 9. 2021.
^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
^ AceView NCBI. "Homo sapiens gene FAM167A, encoding family with sequence similarity 167, member A."
^ STRING. "Evidence view of FAM167A interacting genes".
^ FAM167A GeneCard za FAM167A
^ "Protein FAM167B [Homo sapiens] - Protein - NCBI".
^ "Protein FAM167A [Homo sapiens] - Protein - NCBI".
^ "FAM167A family with sequence similarity 167 member A [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".
^ Sun F, Xu J, Wu Z, Li P, Chen H, Su J, You X, Li M, Zhao Y, Tian X, Li Y, Zhang F (2013). "Polymorphisms in the FAM167A-BLK, but not BANK1, are associated with primary Sjögren's syndrome in a Han Chinese population". Clinical and Experimental Rheumatology. 31 (5): 704–10. PMID 23899688.
^ Nordmark G, Kristjansdottir G, Theander E, Appel S, Eriksson P, Vasaitis L, Kvarnström M, Delaleu N, Lundmark P, Lundmark A, Sjöwall C, Brun JG, Jonsson MV, Harboe E, Gøransson LG, Johnsen SJ, Söderkvist P, Eloranta ML, Alm G, Baecklund E, Wahren-Herlenius M, Omdal R, Rönnblom L, Jonsson R, Syvänen AC (mart 2011). "Association of EBF1, FAM167A(C8orf13)-BLK and TNFSF4 gene variants with primary Sjögren's syndrome". Genes and Immunity. 12 (2): 100–9. doi:10.1038/gene.2010.44. PMID 20861858.
^ Coustet B, Dieudé P, Guedj M, Bouaziz M, Avouac J, Ruiz B, Hachulla E, Diot E, Cracowski JL, Tiev K, Sibilia J, Mouthon L, Frances C, Amoura Z, Carpentier P, Cosnes A, Meyer O, Kahan A, Boileau C, Chiocchia G, Allanore Y (juli 2011). "C8orf13-BLK is a genetic risk locus for systemic sclerosis and has additive effects with BANK1: results from a large french cohort and meta-analysis". Arthritis and Rheumatism. 63 (7): 2091–6. doi:10.1002/art.30379. PMID 21480188.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000154319 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035095 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[5] GeneCard za FAM167A

[6] Marchler-Bauer A et al. (2013) (2013). "CDD: conserved domains and protein three-dimensional structure". Nucleic Acids Res. 41 (Database issue). D1:D384-52. doi:10.1093/nar/gks1243. PMC 3531192. PMID 23197659.

[UniProt-7] "UniProt, Q96KS9" (jezik: engleski). Pristupljeno 17. 9. 2021.

[8] BioGPS. "SymAtlas Human tissue expression".

[9] BioGPS. "Tissue expression in house mouse".

[10] ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/view/genome/83648/?term=FAM167A

[11] National Human Genome Research Institute. "FAM167A Symbol Report". Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 17. 9. 2021.

[12] Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.

[13] AceView NCBI. "Homo sapiens gene FAM167A, encoding family with sequence similarity 167, member A."

[14] STRING. "Evidence view of FAM167A interacting genes".

[15] FAM167A GeneCard za FAM167A

[16] "Protein FAM167B [Homo sapiens] - Protein - NCBI".

[17] "Protein FAM167A [Homo sapiens] - Protein - NCBI".

[18] "FAM167A family with sequence similarity 167 member A [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".

[19] Sun F, Xu J, Wu Z, Li P, Chen H, Su J, You X, Li M, Zhao Y, Tian X, Li Y, Zhang F (2013). "Polymorphisms in the FAM167A-BLK, but not BANK1, are associated with primary Sjögren's syndrome in a Han Chinese population". Clinical and Experimental Rheumatology. 31 (5): 704–10. PMID 23899688.

[NordmarkKristjansdottir2010-20] Nordmark G, Kristjansdottir G, Theander E, Appel S, Eriksson P, Vasaitis L, Kvarnström M, Delaleu N, Lundmark P, Lundmark A, Sjöwall C, Brun JG, Jonsson MV, Harboe E, Gøransson LG, Johnsen SJ, Söderkvist P, Eloranta ML, Alm G, Baecklund E, Wahren-Herlenius M, Omdal R, Rönnblom L, Jonsson R, Syvänen AC (mart 2011). "Association of EBF1, FAM167A(C8orf13)-BLK and TNFSF4 gene variants with primary Sjögren's syndrome". Genes and Immunity. 12 (2): 100–9. doi:10.1038/gene.2010.44. PMID 20861858.

[21] Coustet B, Dieudé P, Guedj M, Bouaziz M, Avouac J, Ruiz B, Hachulla E, Diot E, Cracowski JL, Tiev K, Sibilia J, Mouthon L, Frances C, Amoura Z, Carpentier P, Cosnes A, Meyer O, Kahan A, Boileau C, Chiocchia G, Allanore Y (juli 2011). "C8orf13-BLK is a genetic risk locus for systemic sclerosis and has additive effects with BANK1: results from a large french cohort and meta-analysis". Arthritis and Rheumatism. 63 (7): 2091–6. doi:10.1002/art.30379. PMID 21480188.

[1]