Konzervativna zamjena

Konzervativna zamjena – konzervativna mutacija ili konzervativna supstitucija – je zamjena aminokiselina u proteinu koji mijenja zadanu aminokiselinu u drugu sa sličnim biohemijska+im svojstvima (npr. naboj, hidrofobnosti i veličina).^[1]^[2]

Suprotno tome, radikalna zamena ili radikalna supstitucija je zamjena aminokiseline koja razmenjuje početnu aminokiselinu sa konačnom aminokiselinom sa različitim fizićkohemijskim svojstvima.^[1]

Opis

Višestruko poravnavanje sekvence, proizvedeno kluatalom O, kod pet sisarskih proteinskih histona H1.
Sekvence su za aminokiselinske ostatke 120-180 proteina.
Ostaci koji su sačuvani u svim nizovima označeni su sivom bojom. Ispod svake lokacije (tj. pozicije) poravnanja sekvenci proteina ključ je koji označava sačuvani niz mesta (*), sa konzervativnim zamjenama (:), web mjesta s polukonzervativnim zamjenama (.)
i web mjesta s nekonzervativne zamjene ().^[3]

U prirodi postoji 20 aminokiselina , ali neke od njih imaju slične karakteristike. Naprimjer, leucin i izoleucin su oba alifatski, razgranati hidrofobi. Slično tome, asparaginska kiselina i glutaminska kiselina su mali, negativno nabijeni ostaci. Iako postoji mnogo načina za klasifikaciju aminokiselina, one se često razvrstavaju u šest glavnih klasa na osnovu njihove strukture i općih hemijskih karakteristika njihovih bočnih lanaca (R-grupa).

Klasa	Aminokiseline	1-slovo koda
Alifatske	Glicin, Alanin, Valin, Leucin, Izoleucin	G, A, V, L, I
Hidroksil ili sadrže sumpor/selen	Serin, Cistein, Selenocistein, Treonin, Metionin	S, C, U, T, M
Ciklična	Prolin	P
Aromatske	Fenilalanin, Tirozin, Triptofan	F, Y, W
Bazne	Histidin, Lizin, Arginin	H, K, R
Kiseline i njihovi amidi	Aspartat, Glutamat, Asparagin, Glutamin	D, E, N, Q

Fizičkohemijske distance imaju za cilj kvantificirati različitost između klasa i među klasama između aminokiselina, na osnovu njihovih mjerljivih svojstava, a mnoge su takve mjere predložene u literaturi.^[4] Owing to their simplicity, two of the most commonly used measures are the ones of Grantham (1974)^[5] and Miyata et al (1979).^[6] Konzervativna zamjena je, dakle, zamjena između dvije aminokiseline odvojene malom fizičkohemijskom udaljenosti. Suprotno tome, radikalna zamjena je razmjena između dvije aminokiseline odvojene velikom fizičkoemijskom distancom.^[4]

Uticaj na funkciju

Konzervativne zamjene u proteinima često imaju manji učinak na funkciju od nekonzervativnih. Smanjeni učinak konzervativnih zamjena na funkciju može se vidjeti i kod pojave različitih zamjena u prirodi. Za nekonzervativne zamjene između proteina daleko je vjerovatnije da će ih prirodna selekcija ukloniti zbog štetnih efekata-

Također pogledajte

Reference

^ ^a ^b Zhang, Jianzhi (1. 1. 2000). "Rates of Conservative and Radical Nonsynonymous Nucleotide Substitutions in Mammalian Nuclear Genes". Journal of Molecular Evolution (jezik: engleski). 50 (1): 56–68. Bibcode:2000JMolE..50...56Z. CiteSeerX 10.1.1.584.896. doi:10.1007/s002399910007. ISSN 0022-2844. PMID 10654260.
^ Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (1. 7. 2002). "Ratios of Radical to Conservative Amino Acid Replacement are Affected by Mutational and Compositional Factors and May Not Be Indicative of Positive Darwinian Selection". Molecular Biology and Evolution (jezik: engleski). 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. PMID 12082122.
^ "Clustal FAQ #Symbols". Clustal. Arhivirano s originala, 24. 10. 2016. Pristupljeno 8. 12. 2014.
^ ^a ^b Graur, Dan (3. 8. 2015). "Radical and conservative amino-acid replacements". Judge Starling. Pristupljeno 11. 3. 2018.
^ Grantham, R. (6. 9. 1974). "Amino acid difference formula to help explain protein evolution". Science (jezik: engleski). 185 (4154): 862–864. Bibcode:1974Sci...185..862G. doi:10.1126/science.185.4154.862. ISSN 0036-8075. PMID 4843792.
^ Miyata, Takashi; Miyazawa, Sanzo; Yasunaga, Teruo (1. 3. 1979). "Two types of amino acid substitutions in protein evolution". Journal of Molecular Evolution (jezik: engleski). 12 (3): 219–236. Bibcode:1979JMolE..12..219M. doi:10.1007/BF01732340. ISSN 1432-1432. PMID 439147.

Vanjski linkov i

[Zhang2000-1] Zhang, Jianzhi (1. 1. 2000). "Rates of Conservative and Radical Nonsynonymous Nucleotide Substitutions in Mammalian Nuclear Genes". Journal of Molecular Evolution (jezik: engleski). 50 (1): 56–68. Bibcode:2000JMolE..50...56Z. CiteSeerX 10.1.1.584.896. doi:10.1007/s002399910007. ISSN 0022-2844. PMID 10654260.

[2] Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (1. 7. 2002). "Ratios of Radical to Conservative Amino Acid Replacement are Affected by Mutational and Compositional Factors and May Not Be Indicative of Positive Darwinian Selection". Molecular Biology and Evolution (jezik: engleski). 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. PMID 12082122.

[3] "Clustal FAQ #Symbols". Clustal. Arhivirano s originala, 24. 10. 2016. Pristupljeno 8. 12. 2014.

[Graur2015-4] Graur, Dan (3. 8. 2015). "Radical and conservative amino-acid replacements". Judge Starling. Pristupljeno 11. 3. 2018.

[Grantham1974-5] Grantham, R. (6. 9. 1974). "Amino acid difference formula to help explain protein evolution". Science (jezik: engleski). 185 (4154): 862–864. Bibcode:1974Sci...185..862G. doi:10.1126/science.185.4154.862. ISSN 0036-8075. PMID 4843792.

[Miyata1979-6] Miyata, Takashi; Miyazawa, Sanzo; Yasunaga, Teruo (1. 3. 1979). "Two types of amino acid substitutions in protein evolution". Journal of Molecular Evolution (jezik: engleski). 12 (3): 219–236. Bibcode:1979JMolE..12..219M. doi:10.1007/BF01732340. ISSN 1432-1432. PMID 439147.

[1]